Tout comme pour l’efficacité, la notion d'effets indésirables des médecines « douces » ne peut être envisagée d’une façon globale, du fait de la diversité des produits utilisés.

>>> Homéopathie

En dehors de l’utilisation de teinture-mère, les risques liés à des traitements homéopathiques paraissent faibles. Par exemple, pour un enfant qui aurait accidentellement avalé un tube de granules homéopathiques, le risque d’intoxication peut être considéré comme nul.

>>> Phytothérapie

De nombreux effets indésirables ont été découverts au cours des dernières années, preuve que la phytothérapie n’est pas toujours « douce ». Germandrée petit chêne (sous forme de tisane ou de gélules) et hépatite, parfois fulminante ; badiane et convulsions ; aristoloche et néphropathies, compliquées secondairement de cancers du rein, etc. Un des exemples les plus intéressants est celui du millepertuis. D’utilisation très traditionnelle, sous forme de tisane, un peu comme la verveine ou le tilleul, depuis quelques années, le millepertuis a été remis au goût du jour pour le traitement de la dépression à la manière « douce ». Cette utilisation a amené à la découverte des propriétés d’induction enzymatique du millepertuis. Cela justifie la contre-indication d’association avec de nombreux médicaments : anticoagulants oraux, antiprotéases, contraceptifs oraux, digoxine, immunosuppresseurs, théophylline et des précautions d’emploi avec d’autres médicaments : inhibiteurs de la recapture de la sérotonine, IMAO non sélectif (iproniazide) ou sélectifs de la MAO-A (moclobémide, toloxatone), linézolide.

>>> Mésothérapie

Les effets indésirables sont essentiellement des réactions locales : ecchymoses, hématomes, douleurs, réactions inflammatoires, disparaissant généralement quelques jours après l’interruption du traitement. Il s’agit parfois de réactions plus persistantes (telles que des lésions gommeuses). En théorie, des accidents généraux pourraient survenir, notamment chez des sujets déjà sensibilisés, par exemple à des anti-inflammatoires non stéroïdiens.

>>> Oligothérapie

Les risques liés à des traitements par oligo-éléments paraissent faibles, les quantités utilisées étant très largement inférieures à ce que l’on utilise en médecine classique.